新疆石窟艺术研究所的研究方向以遗留下来的克孜尔、柏孜克里克等石窟的形制以及其中的绘画风格、题材内容等得天独厚的文化积淀以及深厚博大的历史蕴涵为研究背景，依据大量的文物遗存和考古资料，运用现代科学研究手段，努力揭示新疆石窟艺术在东西方文化交流中的独特作用与历史意义。
新疆石窟艺术研究所立足于古代四大文明交汇孕育而成的独特美术文化，运用艺术美学、历史学、民俗学、哲学、宗教学、人类学等多学科的知识，对石窟及其体现出来的历史源流、美学特征、艺术价值、地位影响等进行系统的深层次的研究。
该研究所在学术研究方面已与享誉国内外学术界的吐鲁番、克孜尔石窟研究所等科研单位建立了长期的协作关系，为今后开展高层次教育及科研工作奠定了坚实基础。
本研究所的学术队伍是以教学和科研并重的学术群体，其根植于新疆本土文化，依靠新疆大量的文化遗产，在过去几十年科研教学成果基础上，继承和发扬新疆优秀民族文化，不断完善新疆石窟艺术的独特历史定位和文化价值，近些年已经陆续发表了一批卓有影响的学术论文。
新疆石窟艺术研究所所长：陈世良教授，副所长史晓明副教授，成员由各专业学术梯队中的专家组成。
